封閉式冷卻塔經常出現水垢、腐蝕化合物堆積、銹蝕、細菌和藻類等污染問題，清潔和保護工作就顯得很重要。在日常應用中都暴露在空氣中，空氣中有許多懸浮固體，灰塵和沉積物會繼續堆積在里面，因此設備中會堆積污垢。制冷系統中還會產生大量的微生物藻泥，造成堵塞。

       在冬季，封閉式冷卻塔很少使用，因此會積累大量的水，水會對其內部結構造成相應的腐蝕，長期腐蝕化合物積累，導致部分腐蝕很嚴重。

       設備冷卻循環水中含有碳酸鹽、物質和細菌，有些季節水溫可大于35℃以上，如果冷卻循環水長期不更換或出水量不足，長期不清洗消毒或消毒不完全，會滋生大量細菌，有可能會致病。

       許多微生物大氣氣溶膠在冷卻循環水中繁殖和建立，其中一些立即進入封閉式冷卻塔周圍的空氣，影響附近800米以內。